Le Synode Fédéral a été fondé au début de 1998 en tant qu’organisation représentative de trois groupements évangéliques existants : la Fédération Evangélique Francophone de Belgique (FEFB), l’Evangelische Alliantie Vlaanderen (EAV ; Alliance Evangélique de Flandre ) et le Verbond van Vlaamse Pinkstergemeenten (VVP ; Alliance d’ Eglises Pentecôtistes Flamandes ). Diverses autres dénominations se sont également affiliées ultérieurement au Synode Fédéral.
Lors de la fondation du Synode Fédéral, le but principal était de donner aux Eglises évangéliques une possibilité de représentation propre auprès des autorités belges et de participation à la gestion des différents domaines que les autorités ouvrent aux cultes reconnus : émissions de radio et de télévision, enseignement religieux dans les écoles officielles, et les diverses aumôneries (militaires, pénitentiaires, hospitalières).
Depuis 1839, le prédécesseur de l’Église Protestante Unie de Belgique (ÉPUB) a été considéré par le gouvernement comme interlocuteur pour le culte protestant et évangélique. Pendant plus d’un siècle et demi, différentes églises protestantes et évangéliques ont essayé, avec un succès inégal, d’obtenir une reconnaissance gouvernementale hors des structures de l’interlocuteur usuel, mais en général, tôt ou tard, on se faisait représenter par ce qui est maintenant l’ÉPUB. Du fait de la forte croissance des églises évangéliques après la seconde guerre mondiale, et surtout depuis les années 1970, cette position de monopole, héritée du passé, fut ressentie comme de plus en plus insatisfaisante.
Peu après sa fondation, le Synode Fédéral a introduit une demande officielle de reconnaissance auprès du Ministère de la Justice. Le but de cette demande était de partager la représentation officielle du culte protestant avec l’église protestante historique, et non à obtenir un monopole.
En conséquence de quoi, sur proposition du Ministère de la Justice, des négociations débutèrent en 1999, entre le Synode Fédéral et l’ÉPUB, en vue d’ériger un organe représentatif commun qui représenterait le culte protestant reconnu. On y a travaillé pendant un peu moins de quatre ans, dans un esprit de confiance croissante. Le 9 novembre 2002, une proposition complètement élaborée, relative à un « Conseil administratif du culte protestant et évangélique » (C.A.C.P.E.) fut alors proposée au vote des deux Assemblées synodales : celle de l’ÉPUB et celle du Synode Fédéral. Des deux côtés, la proposition a été approuvée à une large majorité. L’accord entra en vigueur le 1 janvier 2003.
Le Synode Fédéral n’organise aucune activité religieuse, telles que des cultes, des réunions de prière ou des publications religieuses. Ces domaines ressortent de la responsabilité des églises et dénominations affiliées.
Tous les membres ont l’occasion d’exprimer leurs positions sur divers problèmes de la vie religieuse protestante aux Assemblées synodales, tenues une ou deux fois par an. Le Conseil exécutif du Synode Fédéral prépare les Assemblées synodales, exécute les décisions prises et les communique aux instances extérieures concernées (ÉPUB, C.A.C.P.E., autorités), et gère les affaires courantes.
Aujourd’hui, le Synode Fédéral représente près de 580 églises en Belgique, regroupées en dix-neuf dénominations, avec une population évaluée à 140.000 personnes, enfants compris.
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