Le but principal du Synode Fédéral des Églises protestantes et évangéliques de Belgique est de représenter les dénominations affiliées et les organisations reconnues, sur base de la déclaration de foi de l’Alliance Évangélique Mondiale.
Pour les différents domaines qui concernent les relations entre les autorités et les cultes reconnus, il agit par le Conseil Administratif du Culte Protestant et Évangélique (C.A.C.P.E.).
Pour d’autres questions sociétales et convictionnelles, il peut agir comme organe représentatif de façon directe.

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